目前畜禽養殖過程中的主要清糞方式有干清糞、水沖清糞和水泡糞3大類清糞方式，清糞方式選擇應遵循以下原則：
首先，清糞方式應與糞污后期處理環節相互參照。清糞只是糞污管理過程的一個環節，它必須與糞污管理過程的其他環節相連接形成完整的管理系統，才能實現糞污的有效管理。也就是說，可以根據選定的清糞方式，確定后續的糞污處理技術；也可以根據選定的糞污處理技術，確定相匹配的清糞方式。例如，如果某豬場打算采取沼氣工程處理糞污，該豬場的清糞方式好選擇為水泡糞清糞方式；同樣，如果某豬場采用水泡糞清糞方式，糞污的后期處理確定為達標排放處理就不合適，因為水泡糞的糞污中有機物濃度很高，對這樣的糞污進行凈化處理，顯然要付出很高的代價，得不償失。
其次，選擇清糞方式還應綜合考慮畜禽種類、飼養方式、勞動成本、養殖場經濟狀況等多方面因素。由于畜禽種類不同，其生物習性和生產工藝不同，對清糞方式的選擇也有影響，例如，蛋雞主要采用疊層籠養，由于雞的尿液在泄殖腔與糞便混合后排出體外，生產過程中幾乎只產生固體糞便，因而采用干清糞方式。
