養殖糞便的處理方法較多，本文主要介紹干燥處理、好氧堆肥、沼氣發酵以及飼料利用。
干燥處理。就是糞便脫水以方便使用，主要有自然干燥和高溫快速干燥。自然干燥是利用陽光照曬畜禽糞便進行干燥處理；高溫快速干燥則是通過干燥機進行人工干燥。我國常用滾筒式干燥機，能使雞糞的含水量由70%~75%在短時間內下降至8%以下，但存在烘干機排出的臭氣二次污染以及處理溫度過高導致肥效較差等缺點。
好氧堆肥。畜禽糞便中含有大量的有機物及豐富的氮、磷、鉀等營養物質，是農業可持續發展的寶貴資源，因此對糞便進行好氧堆肥是目前廣泛使用的處理方式。根據糞便原料和輔料的特性，根據堆肥要求的碳氮比和水分含量，對糞便和輔料按一定比例混合，并對堆體中氧氣和溫度進行適當控制，使糞便快速發酵生產有機肥。這種方法處理糞便的優點在于終產物臭氣少，且較干燥，容易包裝、施用，可作為土壤改良劑或有機肥料應用于農業生產。
沼氣發酵。根據畜禽糞便中有機物含量高的特點，在一定的水分、溫度（35℃~55℃）和厭氧條件下，通過各類微生物的分解代謝，終形成甲烷和二氧化碳等可燃性混合氣體（沼氣），同時殺滅糞水中大腸桿菌、蠕蟲卵等。沼氣是清潔能源，可作為燃料用于家庭生活，養殖場大量沼氣也可進行發電并網；沼渣沼液中含有氮、磷等成分，可作為肥料用于農業生產、也可用于養魚、作物浸種等，沼氣發酵是我國目前使用較廣泛的糞便處理方法之一。
飼料利用。研究證明，畜禽糞便含有大量未消化的粗蛋白、粗纖維、粗脂肪和礦物質等，其中氨基酸的組成也比較齊全、含量也較豐富，經過加工處理后，可殺死病原菌、提高蛋白質的消化率和代謝能、改善適口性，能成為較好的飼料資源。
